基因組研究
宏病毒組研究
近期,諾禾致源與一線疾控中心通力協(xié)作,針對確診病例和疑似病例的不同組織(咽喉、血液、肺泡灌洗液)進行宏病毒組的研究。該項目通過 Illumina nova6000 的測序平臺,測序數(shù)據(jù)量一般推薦10G,將 rRNA 去除后構(gòu)建轉(zhuǎn)錄組文庫。研究中我們發(fā)揮出諾禾致源在基因檢測的技術(shù)和研究的最大優(yōu)勢,助力疫情防控。
宏病毒的研究,是以環(huán)境中 RNA 病毒的核酸為研究對象,能夠快速準確的鑒定出環(huán)境中所有的病毒組成,在病毒發(fā)現(xiàn)、病毒溯源、微生物預警等研究方面具有重要作用。已知 SARS-CoV-2(新冠病毒)是屬于套式病毒目、冠狀病毒科、冠狀病毒屬,是一類具有囊膜、基因組為線性單股正鏈的 RNA 病毒。在2020年2月14日世衛(wèi)組織公布的關(guān)于新冠病毒的針對性研究方向中,首先被提出的就是為更好地理解新冠病毒的自然史、傳播模式和診斷方法,研究人員將專注于病理模型開發(fā),包括感染、疾病和傳播的動物模型,并開發(fā)用于監(jiān)測和研究病毒表型改變和潛在適應性的工具,并支持通過應用診斷工具及相關(guān)產(chǎn)品來改善臨床過程。針對這個研究重點,高通量二代測序的宏病毒組學,能夠大樣本量,大數(shù)據(jù)量的提供不同病毒的序列信息,在樣本中的表達情況,進化方向,突變現(xiàn)象等一系列可以指導生物學研究及臨床應用的有效數(shù)據(jù)證據(jù)。目前,針對 SARS-CoV-2 的合作項目,RNA 研究部專門組織了項目運行小組,指定負責人專項對接和推進研究。已有多個科研合作項目接入,待客戶建庫后即可進行后續(xù)的合作服務。
在這次抗擊戰(zhàn)中,我們的優(yōu)勢
1. 短周期,高通量,全分析。采用先進的測序平臺,高通量覆蓋可全面檢測生態(tài)環(huán)境中的微生物信息,充分挖掘樣品中存在的微生物多樣性及動態(tài)變化情況。
2. 諾禾致源是商業(yè)科研領(lǐng)域為數(shù)不多的可以進行宏病毒轉(zhuǎn)錄組測序分析的公司,宏病毒轉(zhuǎn)錄組不僅進行基因表達情況以及差異基因表達分析,還進行物種注釋及分類分析,多樣品間的比較分析,病毒進化分析等。此外,針對宏病毒的測序結(jié)果,諾禾致源還可以提供個性化分析的服務,可以根據(jù)不同需求定制分析內(nèi)容。
3. 宏病毒轉(zhuǎn)錄組采用先進的 Illumina 測序平臺,快速、高效地讀取高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計算平臺(High Performance Computing,HPC)采用 DELL 計算節(jié)點和 Isilon 存儲的高效組合,實現(xiàn)快速穩(wěn)定的測序數(shù)據(jù)分析及交付。
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