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基因組生物信息學(xué)分析

基因組生物信息學(xué)分析


基因組生物信息學(xué)分析
通過生物信息學(xué)的方法解讀微生物的基因組信息,使人們迅速得獲得一個微生物的大部分基因功能信息;利用獲取的信息與已知的近緣微生物基因組進(jìn)行比較分析,進(jìn)一步挖掘序列背后的生物學(xué)意義,為生物學(xué)家提供指導(dǎo)。
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基因組生物信息學(xué)分析

    通過生物信息學(xué)的方法解讀微生物的基因組信息,使人們迅速得獲得一個微生物的大部分基因功能信息;利用獲取的信息與已知的近緣微生物基因組進(jìn)行比較分析,進(jìn)一步挖掘序列背后的生物學(xué)意義,為生物學(xué)家提供指導(dǎo)。

    功能基因組注釋
    基因預(yù)測 
    基因功能注釋 
    蛋白質(zhì)功能分類
    蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位
    rDNA和tRNA基因預(yù)測
    IS element和Prophage預(yù)測

    功能基因組分析
    Paralog和Ortholog計算
    代謝通路的構(gòu)建
    基因島和水平轉(zhuǎn)移基因的發(fā)現(xiàn)
    基因組多態(tài)性的分析
    基于同源基因的DN/DS計算的進(jìn)化分析

    cDNA文庫分析 
    原始序列前期處理 (去除載體,低質(zhì)量序列,污染等)
    文庫隨機(jī)性檢測
    文庫基因飽和度預(yù)測
    序列聚類拼接
    基因注釋 (功能注釋,結(jié)構(gòu)域預(yù)測等)
    功能分類(GO,MIPS等)
    基因表達(dá)量分析
    文庫基因總體分析(KEGG代謝途徑)
    基因可變剪接分析
    文庫之間相互比較
    自動化分析平臺構(gòu)建

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