使用ROCK MAKER® - 結(jié)晶軟件輕松添加多個片段進行共結(jié)晶實驗

介紹
ROCK MAKER是一款功能強大的軟件，用于設(shè)計各種結(jié)晶實驗。該軟件已擴展了其功能，可以使用片段和配體輕松創(chuàng)建共結(jié)晶實驗。該功能對于使用小分子片段進行基于結(jié)構(gòu)的藥物發(fā)現(xiàn)的研究人員特別有用�，F(xiàn)在只需點擊幾下即可創(chuàng)建這些復(fù)雜的實驗。

片段篩選
片段篩選是早期藥物發(fā)現(xiàn)過程中的一種流行方法，可幫助研究人員識別與靶蛋白活性位點結(jié)合的相關(guān)小分子。

ROCK MAKER為用戶提供片段篩選功能，作為一種有組織且整潔的解決方案來保護實驗記錄。ROCK MAKER中的片段篩選包含可以添加到任何所需實驗的單個片段的集合。用戶現(xiàn)在可以為共結(jié)晶實驗添加更多細節(jié)，并跟蹤某個蛋白質(zhì)液滴中存在的某個片段。使用ROCK MAKER 中的片段篩選功能，用戶可以設(shè)計基 于共結(jié)晶片段的實驗并管理實驗數(shù)據(jù)文檔。

創(chuàng)建片段篩選
在將片段添加到蛋白質(zhì)樣品以進行共結(jié)晶之前，用戶需要先創(chuàng)建一個片段篩選。這是ROCK MAKER存儲所有片段數(shù)據(jù)以備將來使用的地方。用戶可以選擇手動將片段數(shù)據(jù)添加到 ROCK MAKER中，也可以從電子表格編輯器（例如 Microsoft Excel 或 Google Sheets）中復(fù)制它們。要從現(xiàn)有電子表格復(fù)制數(shù)據(jù)，只需從電子表格編輯器復(fù)制所需的片段，然后將它們粘貼到 ROCK MAKER中即可。需要注意的是，用戶必須將數(shù)據(jù)從 Condition Number表復(fù)制到軟件內(nèi)的Notes表中。請參閱下圖以供參考。還需要注意的是一旦在實驗中使 用片段篩選，它就變得不可編輯，以防止任何可能篡改相關(guān)實驗的更改。

片段篩選選項卡填充片段列表

用戶可以通過兩種方式添加片段：

1. 設(shè)計共結(jié)晶實驗時，在蛋白質(zhì)樣品中加入片段。

2. 在獲得晶體后再加入片段。建議用戶在軟件的“Experiment Notes”部分注明這是一個浸泡實驗。

片段篩選非常靈活，用戶可以在每孔添加片段層時改變投放位置。用戶還可以根據(jù)需要編輯片段的體積或工 作濃度。一旦片段篩選條件被保存，它可以作為片段層應(yīng)用ROCK MAKER的任何實驗中。

片段層

在ROCK MAKER中，片段層定義了一個片段，該片段將被添加到實驗的液滴中。用戶可以選擇在將蛋白質(zhì)液滴添加到蛋白質(zhì)層之前或之后添加片段層。ROCK MAKER中的分層系統(tǒng)使用戶能夠輕松創(chuàng)建復(fù)雜的篩選實驗，因為用戶可以在平板畫布上以圖形方式勾勒出他們的實驗組件應(yīng)該放在的位置。如右圖所示，片段層由蛋白質(zhì)層頂部的深色陰影以圖形方式表示。

片段層

創(chuàng)建片段層

在ROCK MAKER中設(shè)計蛋白質(zhì)結(jié)晶實驗時，可以將多個片段添加到所需的實驗中。創(chuàng)建片段層涉及指定目標孔滴和選擇片段篩選條件。只需在孔板畫布上選擇片段篩選應(yīng)用到的孔，然后選擇所需的片段即可完成此操作�？梢蕴砑佣鄠�片段層來創(chuàng)建所需的實驗。這是設(shè)計復(fù)雜片段篩選的一種快速簡便的方法，同時將所有實驗數(shù)據(jù)保存在一個地方。

選擇所需的孔以添加片段層